Sebelum menjadi BBPP. Kupang, instansi ini sebelumnya bernama Balai Latihan Pegawai Pertanian (BLPP) Noelbaki Kupang sesuai dengan SK Mentan RI No. 368/Kpts/Org/5/1982 tanggal 27 Mei 1982 yang menetapkan semua kegiatan pelatihan menjadi kelembagaan struktural yaitu BLPP yang wilayahnya meliputi seluruh Indonesia. Dalam perkembangan selanjutnya. pada beberapa tahun nama BLPP Noelbaki Kupang berubah-ubah menurut tugas dan fungsinya.
Berdasarkan SK Mentan RI No. 84/Kpts/OT.210/2/2000 tanggal 29 Pebruari 2000 tentang Organisasi dan Tata Laksana disempurnakan lagi. sehingga BLPP menjadi Balai Pendidikan dan Pelatihan (Balai Diklat) Pertanian/BDP Noelbaki Kupang yang spesifikasi tugasnya diarahkan sebagai diklat pertanian lahan kering dengan lingkup nasional.
Perubahan nama kembali terjadi dari BDP menjadi Balai Diklat Agribisnis Ternak Potong dan Teknologi Lahan Kering (BDA TP-TLK) Noelbaki Kupang dengan SK Mentan RI No. 332/Kpts/OT.210/5/2002 tanggal 08 Mei 2002 tentang Organisasi dan Tata Laksana Balai. Balai ini mempunyai tugas melaksanakan pendidikan dan pelatihan keahlian agribisnis ternak potong dan teknologi lahan kering dalam rangka mengembangkan sumberdaya manusia.
Sesuai tugas dan fungsinya yang semakin banyak. maka kapasitas kelembagaan balai ditingkatkan dari Eselon III A menjadi Eselon II B dengan nama Balai Besar Pelatihan Peternakan (BBPP) Kupang yang merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pusat Pelatihan Pertanian. Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumberdaya Manusia Pertanian (BPPSDMP) Kementerian Pertanian Republik Indonesia.
Kronologis sejarah dari BLPP Noelbaki Kupang sampai dengan terbentuknya BBPP kupang adalah sebagai berikut :
1. (1982 - 2000) Balai Latihan Pegawai Pertanian (BLPP) Noelbaki Kupang Dasar hukum : SK Mentan RI No.368/Kpts/Org/5/1982 tanggal 27 Mei 1982.
Kepala Balai : a. Jos P. Djogo. M.Ed (1982-1987)
b. Ir. Nasrul Abadi. MA (1987-1996)
c. Ir. Dadang Udju. MBA. MM (1996-1999)
d. Ir. I Komang Gede Subagia. MM (1999-2000)
2. (2000 - 2002) Balai Dikat Pertanian (BDP) Noelbaki - Kupang Dasar hukum : SK Mentan RI No.84/Kpts/OT.210/2/2000 tanggal 29 Pebruari 2000
Kepala Balai : a. Ir. I Komang Gede Subagia. MM (2000-2002)
3. (2002 - 2007) Balai Diklat Agribisnis Ternak Potong dan Teknologi Lahan Kering (BDA TP-TLK) Noelbaki Kupang Dasar hukum : SK. Mentan RI No.332/Kpts/OT.210/5/2002 tanggal 08 Mei 2002
Kepala Balai : Ir. I Komang Gede Subagia. MM (2002-2007)
4. (2007 - Sekarang) Balai Besar Pelatihan Peternakan (BBPP) Kupang Dasar hukum : Permentan RI No.102/Permentan/OT.140/10/2013 tanggal 9 Oktober 2013 Jo RI No.102/Permentan/OT.140/10/2013 tanggal 9 Oktober 2013 Jo Permentan Nomor 14 Tahun 2023
Kepala Balai : a. Ir. Muhammad Amir Saade. M.Si (Agustus 2007 - September 2011)
b. Apri Handono. A.Pi. MM (September 2011 - Februari 2017)
c. Dr. Ir. Adang Warya. MM (Maret 2017 - Juni 2019)
d. drh. Bambang Haryanto, MM (Juli 2019 - Januari 2023)
e. Dr. Ir. Yulia Asni Kurniawati, M.Si (Januari 2023 - Sekarang)
5. Permentan No 14 Tahun 2023 tentang Organisasi dan tata Kelola Unit Pelaksana Teknis Lingkup Badan Penyuluhan dan Pengembangan SDM Pertania